As confrarias foram criadas na Idade Média, como associações de leigos, empenhados em obras de caridade e em celebrar funerais cristãos de seus membros e dos pobres. Elas fundaram os primeiros hospitais e leprosários no Ocidente europeu, mantidos por leigos ricos e devotos, com donativos e legados.

A primeira confraria da Santa Casa de Misericórdia foi criada em Lisboa, em 1498. Rapidamente espalhou-se pelas cidades portuguesas para promover as sete obras de caridade. As corporais: dar de comer a quem tem fome; dar de beber a quem tem sede; vestir os nus; dar pousada aos peregrinos; assistir aos enfermos; visitar os presos; enterrar os mortos. E as  espirituais: dar bom conselho; ensinar os ignorantes; corrigir os que erram; consolar os aflitos; perdoar as injúrias; sofrer com paciência as fraquezas do próximo; rogar a Deus por vivos e defuntos principalmente pelos defuntos que estão no Purgatório.

A primeira Misericórdia do Brasil foi a de Santos, criada por Bras Cubas, em 1543. No começo do século XX, quase todas as cidades, médias e grandes, possuía sua Santa Casa. As Santas Casas foram os primeiros hospitais do Brasil e atendia os pobres. Assistiam à criança abandonada, as mocinhas órfãs, abandonadas e pobres, que poderiam receber um dote para ter condição de se casar. Seus confrades visitavam presos, assistiam enfermos. Foram precursoras em criar os primeiros cemitérios, também para pobres e crianças abandonadas.

Para manterem seus serviços, as Santas Casas recorriam desde o inicio a legados e esmolas dos ricos, embora por vezes tenham recebido apoio financeiro de reis e governos. A ajuda esteve associada ao medo do Inferno e para abreviar as penas do Purgatório. No Concilio de Trento (século 16) confirmou-se a idéia da existência do Purgatório, o que desencadeou forte temor por passar por esse sofrimento depois da morte. Aumentou enormemente o costume, entre os que tinham grandes posses e propriedades, de escrever seu testamento enquanto vivo, partilhando seus bens e deixando parte deles em esmolas para os pobres e para a Santa Casa. Com isso, as Santas Casas foram acumulando grandes propriedades e valores através dos tempos.

Hoje, a confraria da Santa Casa sobrevive restrita à assistência hospitalar, subsidiada pelo governo, com apoio de suas heranças patrimoniais remanescentes. Em muitas das cidades brasileiras é o único Hospital existente.